Тус эмнэлгийг анх 1933 онд Монгол Улсын Дотоодыг хамгаалах газрын хязгаарын бөгөөд дотоодын цэргийн хэлтсийн дэргэд “эмнэлэг анги” нэртэйгээр байгуулсан ба түүнээс хойш 80 гаруй жилийн хугацаанд нэр хаяг, үйлчлэх хүрээ, харьяалал, бүтэц зохион байгуулалтыг 8 удаа өөрчилж байжээ. Үүнд:

  1. Дотоодын хамгаалах газрын даргын 1933 оны 6 дугаар сарын 7-ны өдрийн 234 дүгээр тушаалаар Дотоодыг хамгаалах газрын эмнэлэг /1933-1936 он/
  2. Дотоод явдлын яамны сайдын 1936 оны 9 дүгээр сарын 16-ны өдрийн 26 дугаар тушаалаар Дотоод явдлын яамны эмнэлэг /1936-1954 он/,
  3. БНМАУ-ын Дотоод явдлын яамны сайдын 1954 оны 4 дүгээр сарын 12-ны өдрийн 321 дүгээр тушаалаар өдрийн эмнэлэг буюу амбулатори /1954-1972 он/,
  4. БНМАУ-ын Сайд нарын зөвлөлийн 1971 оны 7 дугаар сарын 7-ны өдрийн 228 дугаар тогтоолоор Нийгмийг аюулаас хамгаалах яамны төв эмнэлэг /1972-1990 он/,
  5. БНМАУ-ын Ардын Их Хурлын тэргүүлэгчдийн 1990 оны 4 дүгээр сарын 17-ны өдрийн 95 дугаар зарлигаар Улсын аюулгүй байдлыг хангах ерөнхий газрын төв эмнэлэг /1990-1994 он/,
  6. Монгол Улсын Засгийн газрын 1994 оны 5 дугаар сарын 9-ний өдрийн 88 дугаар тогтоолоор Хилийн цэргийн төв эмнэлэг /1994-2000 он/,
  7. Монгол Улсын Засгийн газрын 2000 оны 1 дүгээр сарын 26-ны өдрийн 13 дугаар тогтоолоор төрийн тусгай алба хаагчдыг нэгдсэн эмнэлэг /2000-2013 он/,
  8. Монгол Улсын Засгийн газрын 2012 оны 11 дүгээр сарын 3-ны өдрийн 122-р тогтоолоор Цэргийн клиникийн төв госпитальтай нэгтгэн Батлан хамгаалах, хууль сахиулах алба хаагчдын нэгдсэн эмнэлэг /2013-2016 он/ болгон тус тус өөрчилж байсан байна.
  9. Монгол Улсын Засгийн газрын 2016 оны 8 дугаар сарын 31-ний өдрийн 68 дугаар тогтоолоор Төрийн тусгай албан хаагчдын нэгдсэн эмнэлгийг сэргээн байгуулсан.